La Agencia de Desarrollo rige sus acciones a partir de una organización democrática, en la que todas sus instituciones socias están representadas, a través de un proceso eleccionario que se realiza cada dos años.

Ese proceso determina la conformación de la comisión directiva, integrada por presidente, secretario y vocal. Su gestión es evaluada por un síndico, electo en la misma instancia.

En la actualidad la Directiva de la Agencia de Desarrollo Paysandú está conformada por:

Presidencia: Diego Borsani. Club Rotary Puerto

Secretaría: Eduardo Van Hoff. Intendencia Departamental de Paysandú.

Vocal: Carlos González. Plenario Departamental del PIT-CNT.